Porezna uprava Federacije BiH je uprava u sastavu Federalnog ministarstva finansija/Federalnog ministarstva financija.
Poreznom upravom Federacije BiH rukovodi direktor, kojeg imenuje Vlada Federacije BiH na prijedlog federalnog ministra finansija/ federalnog ministra financija na period od četiri godine sa mogućnošću novog imenovanja.
Direktor Porezne uprave Federacije BiH je Midhat Arifović, dipl.ecc.
Zamjenik direktora Porezne uprave Federacije BiH je Vinko Križan, dipl.ecc, koji se imenuje na isti način kao i direktor.
Porezna uprava Federacije BiH je organizovana na dva nivoa i to na nivou Središnjeg ureda i kantonalnih poreznih ureda sa pripadajućim poreznim ispostavama.
Središnji ured Porezne uprave Federacije BiH ima tri službe i sedam sektora, kojima rukovode pomoćnici direktora-rukovodioci službi /sektora.
Direktor, uz saglasnost ministra a po provedenoj proceduri utvrđenoj u poglavlju IV. Zakona o državnoj službi u Federaciji Bosne i Hercegovine ("Službene novine Federacije BiH", br. 29/03, 39/04, 54/04, 67/05 i 8/06), postavlja i razrješava rukovodioce sektora i službi unutar Središnjeg ureda, rukovodioce kantonalnih poreznih ureda i šefove poreznih ispostava.